本校於1966年由創辦人王趁先生創建「嘉南藥學專科學校」，以崇真務實的『真實』校訓，秉持「真誠待人、實在做事」之內涵。
1996年因辦學績效卓著，奉准升格改制為「嘉南藥理學院」。
2000年，復因各項條件俱優，奉准改名為「嘉南藥理科技大學」
2014年再度更名為「嘉南藥理大學」。
本校辦學理念植基於「健康」、「關懷」、「精緻」及「卓越」等四大面向，以「藥理」與「健康」為核心主軸，重視專業能力訓練，培養理論與實務並重之專業人才
以強化學生外語能力、資訊能力、專業證照、人文藝術素養及群體關懷等，孕育多元的國際觀及人生觀，落實全人教育，務期邁向以「健康促進」為體、「健康務實」為用、「樂活(LOHAS)創新服務」為教育目標之綜合型科技大學。