1988年3月向教育部提出申請，1989年6月獲教育部核准籌設「長榮工學院」，並於當年8月成立長榮工學院董事會，由長榮中學校友會總會長高育仁先生榮任董事長。
1992年11月奉准改為長榮管理學院，聘請林邦充教授為首任院長，設「資訊管理」、「企業管理」、「國際企業」、「會計」等四個學系，並參加82學年度大學聯招，獲核定招收新生二百名。
之後，於2002年10月奉教育部核定改名為「長榮大學」。
本校在董事會及校長領導下，積極辦學，建立制度，創造特色。
迄今，設有七個學院及一個學部，分別為管理學院、健康科學學院、人文社會學院、資訊暨設計學院、神學院、永續教育學院、環境教育國際實驗學院及博雅教育學部，其中共有30個學系、含21個碩士班、13個學士學位學程、1個博士班、5個獨立研究所，13個教學及研究中心。