本校於47年成立，由覃勤、陳固、陳恭炎等先生，結合一群熱愛中國醫藥學人士，建立台灣第一座培育中西醫藥專業人才的高級學府，推舉覃勤先生為第一任董事長，歷經楊肇嘉、王德溥、謝東閔、陳立夫等董事長，至90年3月推選蔡長海教授為第六位董事長。
成立之初由覃勤董事長兼任校長，歷經周邦道(代理)、章啟民(代理)、邱賢添、徐佑周(代理)、楊燕飛、方中民、鄭通和、郭榮趙、王廷輔(代理)、陳梅生、郭盛助、謝明村、陳偉德(代理)、葉純甫、黃榮村等校長，於103年2月延攬李文華院士為第十七任校長。
於69年設立附設醫院、72年成立北港分部、74年設立北港附設醫院、92學年度改名中國醫藥大學、102年臺南市立安南醫院-委託中國醫藥大學興建經營、103年設立兒童醫院，目前學校有醫學院、中醫學院、藥學院、公共衛生學院、健康照護學院、生技製藥暨食品科學院、人文與科技學院及牙醫學院。