本校前身是創立於民國54年健行工商專校，創校之初設有土木工程、電訊工程、建築工程及工業管理等四科六班，經逐年擴展，於83學年度改制為「健行工商專科學校」，88學年度改制為「健行技術學院」，89學年度更名為「清雲技術學院」。
92學年度奉核改名「清雲科技大學」，101年8月奉准恢復校名為「健行科技大學」。
目前計有16個系、1個學位學程、10個研究所。
創校以來，培育術德兼備之有為青年無數，在董事會及歷任校長領導擘劃下，不斷增建校舍，充實設備，延攬優秀之國內外學人來校執教，加強師資陣容，期能質量兼顧，開創宏觀的新紀元。
本校依據辦學理念與願景，擬定發展目標與策略，落實各項中程校務發展計畫，發展學校特色與優勢，在教學、研究、輔導及校務行政的推動上，結合校訓「好學有禮」，並形塑「有禮」的校園文化，讓健行科技大學成為教職員工的幸福職場，以身教及境教培養學生的職場倫理與工作態度,並發展成優質的一流大學。