為配合國家產業發展，規劃以生化科技、材料化學及分析化學三大教育研究方向，培育具備跨領域學能之科技人才。在生化醫藥方面，規劃與進行相關研究的合作，繼而將此醫學基礎研究之精神，藉此提升地方對醫療體系及醫療資訊的重視與改善。學生能瞭解並兼顧生化醫藥的理論與實務基礎。材料化學的教育研究規劃下，除保有優良之學術研究成果外，更持續經營與工業界密切的合作發展，積極主導著產業相關的關鍵技術。在分析化學方面，配合目前國家需求，著重於功能性磁性奈米生化分析相關技術、光電材料分析、紫質材料分析，以及各種儀器分析技術的開發與應用。整體而言，本系（所）之設立，除以培育應用化學人才為目標外，並計畫整合台灣中部地區生化醫藥及材料分析之教育與研究資源，發展具創造性的前瞻研究，突破傳統教學下理論與實務的藩籬。本所之設立能縮短城鄉間學術的差距，更藉由培育世界各地華僑子弟，使其成為優良的專業人才，繼而帶動台灣學術研究的國際化。