食品保健系之教學目標以培育具備製造、管理、檢驗分析、行銷與創新能力之食品保健專業人才。在教學規劃上講求理論與實務並重，學術研究與專業技能兼具，以期培養出具學術理論與實務證照之高級專業技術人才，落實技職教育理念，貫徹「學、考、用」三合一政策。本系透過「保健食品製造技優人才培育計畫」，獲教育部補助二千萬金費，更新實習設備，建置保建農、漁產品加工實習工場及專業乙級考場，並藉由系本位課程修訂、外師授課及全時實習，將保健食品產業所需實務技能帶入校園，輔導學生熟練專業技能，精進實作能力，利用在地特色農、漁產品，開發成高單價之保健食品，提高農漁民收益，藉此模式建構保健食品產業價值鏈，開創傳統農、漁產業新生命，而學生亦可達到產學無縫接軌、學習即實習、畢業即就業之目標，如此不但可解決食品傳統產業嚴重缺工問題，賦予傳統產業新的活力動能，更可促進產業升級，為臺灣經濟發展帶來一番清新氣象。