清大核工所的入學管道有兩個，分別為甄試入學與考試入學。
109學年度以前，碩士班甄試分為甲組（工程組）及乙組（科學組），甲組的研究領域包括：反應器物理與工程、反應器安全與熱流、核能材料、輻射應用、輻射屏蔽、核能儀控、電漿工程、加速器工程與應用、醫學物理；乙組的研究領域包括：放射化學、輻射生物、生醫影像、生醫工程、輻射應用，這兩個組別入學後的課程完全一樣，同學好像也不記得是由哪個組入學的，所以主要是看想找的教授收哪一組的學生就去申請那一組。自109學年度碩士班甄試起，由甲組及乙組改為「不分組招生」。
109學年度以前甄試分為兩個階段，初試的資料審查與複試的口試，109學年度之後改為全面資料審查。
需要準備的資料有:名次證明、大學歷年成績單(轉學生須包含轉學前成績)、推薦函兩封、學習研究計畫書、自傳、個人資料表(須至系所網頁下載指定格式)與其他有利申請之資料(如英文檢定證明、大學專題研究成果等)。
大學成績單需附名次證明。
推薦函找大學助理教授等級以上，最好找大學時修過課程的授課老師或導師，他們比較了解你，寫出的介紹信比較具體。
學習研究計劃書我分成短期、中期與長期來寫，內容為目標與具體實現方式。
自傳從109學年度開始由中文改為中英文不限。
英文檢定證明可以是多益或托福。
大學專題研究如果有的話很加分，最好可以附上研究心得，如在研究中遇到甚麼困難與解決方式。
