體育學系隸屬於師範學院設有學士班、碩士班及暑期在職碩士專班，本系學生擁有五年一貫取得學士和碩士之制度，及至日本仙台大學、成蹊大學取得雙聯學位的機會，大學部課程以國小體育師資的培養為基礎，並結合臺東山林與海洋的自然環境，培養戶外體驗活動企劃與領導人才，也結合政府「委外經營」的政策，爭取課後照顧、社區運動指導、以及寒暑假期各項活動，多元管道學習增進學生就業面向。在碩士班部分，針對人文史學、運動教育學、動作行為科學以及運動社會學等四個領域作為主要發展特色，以培養專業體育教學與運動科學研究人才，除專業能力的培養，本系更重視來自實習情境的體驗與省思，以增進理論與實務間的結合。在碩士在職專班部分，以運動休閒與教育、戶外活動與動作行為科學等兩大領域作為主要發展特色，培養在職專班碩士生具備體育與運動實務研究之專業知識及研究能力進而提升其實務研究的風氣，學用合一課程及理論應用於實務課程之特色系所。