本系在理工、電機資訊學院豐厚的師資支援下，與同屬醫學院之各科系共榮發展，設計出融合多學門的物理治療專業教育課程，並共同設立醫學院第一個跨院系學分學程(高齡社會健康照護學程)。配合鄰近的義大醫院在臨床、研究上密切互動，發展出立足南台灣，成為全國獨具特色，培育專業物理治療師之搖籃。本系並配合社區化、老年化等國際趨勢，將長期照護訂定為發展特色之一，將協助畢業生建立更健全、多元之物理治療服務網及國際觀。在歷任的系主任 (余南瑩博士和李新民博士)帶領及全體師生的努力之下，本系順利通過2007年及2013年高等教育評鑑中心系所評鑑。教學規劃方面，以訓練學生成為獨當一面、生涯持續學習之物理治療師為目標，基礎物理治療專業課程涵蓋神經、骨科、小兒、呼吸循環及老人物理治療各領域的相關基礎與進階課程；再加上通識與極具系特色的選修課程；期望培養出有為有守的專業物理治療師。