國立清華大學與新竹教育大學於2016年11月1日整併合校後，作為台灣頂尖大學之『清華大學音樂學系』的使命為，在音樂藝術領域裡追求專業卓越、課程設計紮實多元，開放創新、跨領域研究學風，培訓學生勇於嘗試不同音樂表演型態，積極開拓國際學術交流，持續造就未來領導社會的音樂藝術表演人才與教育學者，並期許學生在社會中，扮演擁有獨立思考及研究能力的專業音樂人 。 本系歷年來在教學環境、師資群更新均挹注甚大，持續為創造師生共同學習的優質音樂學系做努力。本系不僅提供卓越技藝的養成，亦參與國際交換學生的甄選計畫。 音樂系專門課程依主修樂器規劃完善課程架構，並鼓勵學生參與各類型重奏與樂團的培訓，成為具聆聽與溝通能力的音樂人。重點階梯課程除音樂理論與史學的知識養成外，在教學及表演實務訓練、現代音樂工業及產學合作等相關課程亦逐步豐富化，提昇學生更寬域之性向發展與社會競爭力。